До революции все местные и провинциальные музеи находились в ведении самых различных ведомств - статистических комитетов, архивных комиссий Российского географического общества, местных обществ – естественно-научных, историко-археологических, городских самоуправлений, земств и частных лиц.
Ни административного управления в общегосударственном масштабе, ни единого научного и методического руководства они не имели. К концу XIX века на территории Казахстана действовали три отдела Российского географического общества: Оренбургский (с центром в г.Оренбурге), как раз и сыгравший особую роль в создании нашего музея; Западно-Сибирский (с центром в г.Омске) и Туркестанский (с центром в г.Ташкенте). Активная работа Российского географического общества по собиранию, обрабатыванию и распространению географических, этногра-фических и статистических сведений сопровождалась созданием музеев и библиотек. Открытию музеев способствовали научные экспедиции по изучению края и деятельность местных статистических комитетов и обществ краеведов, которым необходимо было иметь такое место, где можно было бы «хранить и систематизировать собранные материалы, а также экспонировать их для всеобщего обозрения». Ведущее место в научно-краеведческой работе Казахстана занимал Оренбургский отдел, созданный в 1868 году. В числе его членов были такие известные в крае люди как выдающийся казахский педагог-просветитель ИбрайАлтынсарин, много сил уделявший этнографическим изысканиям; письмоводитель БейбитДаулбаев, удостоенный серебряной медали географического общества за исследова-тельскую статью об условиях жизни казахов Кустанайского уезда на протяжении 50 лет. В 1895 году был создан Тургайский областной статистический комитет, имеющий своих коррес-пондентов в Кустанае, Иргизе, Тургае, которые занимались изучением истории, экономики, области, вели учет численности населения. Действительными членами этого комитета были, например, много сделавшие для этнографического изучения края, инспектор народных училищ Тургайской области Алекторов и городовой врач Кустаная МухамеджанКарабаев.
С начала ХХ века заметно оживляется общественное культурно-просветительное движение, а в связи с бурным развитием местной промышленности и торговли возникает потребность в изучении природных богатств и местной истории. Широкое распространение получает и частное коллекцио-нирование различных редкостей и археологических древностей. Назрела потребность, в создании местного общественного музея, который собрал бы и сохранил древности от гибели из-за невежества их случайных владельцев.
1 августа 1915 года по решению Кустанайской городской думы был создан музей естественно-исторического профиля, предназначенный первоначально для просветительской работы в школах города. Разместился музей в деревянном маленьком доме общей площадью 12 м². Первоначально экспонатами музея были в основном наглядные пособия по зоологии, ботанике, географии, астрономии, переданные реальным училищем и другими учебными заведениями города Кустаная. Заведовал музеем по совместительству преподаватель биологии Кустанайского реального училища Лебедев Федор Петрович, получая за свой труд хранителя 25 рублей в месяц, помогала ему в работе сторожиха-уборщица, с окладом в 10 рублей. Годовой бюджет музея с отоплением и освещением составлял 900 рублей, выделяемые Городской думой. Деньги по тем временам совсем неплохие и пополнение музейных фондов «древностями из курганов, бытовыми предметами – каменными, медными, чугунными, глиняными, каменными бабами, чучелами животных и т.п.» шло очень интенсивно, работали этнографический и естественно-географический отделы, вплоть до 1918 года, когда музей оказался брошен на произвол судьбы. С осени 1919 года, после прихода Красной Армии, деятельность музея была восстановлена, но на очень короткий срок, а с 1921 года в связи с голодом и разрухой музей прекращает работу. Именно в это время из-за безнадзорности были утрачены многие экспонаты. Только в 1922 году на окраине города музей вновь открывает двери для тогда еще немногочисленных посетителей.
Но с 1925 года его начинают переводить из помещения в помещение, особенно сложным для музея было время с 1927 по 1937 год, когда пришлось переезжать 12 раз. И все-таки активная исследовательская работа общества краеведения, существовавшего при музее с 1925 по 1931 год, позволила пополнить интересными экспонатами музейные коллекции, привлечь посетителей лекция-ми и экскурсиями.
У музея, весь штат, которого составляли заведующий, 1 научный сотрудник и сторожиха-уборщица, к тому времени сложился круг постоянных друзей и советчиков. Только наличие спаянного и полного энтузиазма коллектива единомышленников давало возможность преодолевать всю ту массу затруднений, лишений, тревог и забот, которыми так полна была повседневная жизнь музея. Экскурсии проводили все безотказно и буквально до упаду, потому что никаких средств на специальных экскурсоводов не было, а допустить, чтобы кто-то ушел, не осмотрев музея, было совершенно невозможно. Упорно «пешим ходом» обходили весь уезд, чтобы не оставалось и уголка, необследованного, лично не осмотренного, да еще, возвращались с тяжелой ношей «сборов», особенно гордые, если все это было получено в дар от населения. В ледяных залах музея спешно заканчивали новую экспозицию, приуроченную к открытому годовому отчетному заседанию «Совета друзей музея». И во всех этих делах и свершениях главной была любовь к нашему музею. Та же любовь, что лежит в основе профессионализма и творческой неуспокоенности современных музейщиков.
С 1936 года музей становится областным, а с января 1937 года впервые за долгие годы получил твердые ассигнования и постоянное помещение в центре города по ул.Ленина, 60, в здании, построенном в к XIX века, как питейное заведение, а впоследствии ставшем Народным домом – центром культурной жизни города. Музей получил 3 комнаты второго этажа. Первоначально, часть здания занимали областная библиотека и общежитие школы им.Джамбула. Но 17 марта 1938 года постановлением Кус-танайского облисполкома здание со всеми надворными постройками было передано обл.музею в постоянное пользование. В музее была открыта стационарная экспозиция по природе и истории края, велась активная выставочная работа. Помимо выставок на краеведческие темы регулярно проводились областные художественные выставки, а также выставка к 20-летию Рабоче-крестьянской Красной Армии (РККА), к 20-летию Казахской ССР, 60-летию Сталина и 70-летию Ленина.
С этого времени начинают формироваться фонды музея, прежде всего рукописный фонд, создается научная библиотека. В музее формируется 3 отдела: отдел природы, отдел истории, отдел соцстроительства. Необходимо отметить, что каждое исследование направленное на изучение прошлого Кустанайского уезда приходилось яростно отстаивать, особенно в момент его планирования (“сейчас не до старины”). Но возражения значительно ослабевали, когда интереснейший материал появлялся в экспозиции, привлекая неослабевающий интерес посетителей. Самоотверженную пропагандистскую работу вели работники отдела соцстроительства, те кто еще в 1920-е годы провел в ужасных условиях, при полном бездорожье уникальное сплошное обследование с целью получения данных о рабочей силе, земле и посевах в каждом населенном пункте, собрав ценные сведения о сельском хозяйстве края. Демонстрацию результатов обследования приурочили тогда к губернской сельскохозяйственной выставке. Навсегда запечатлелась эта выставка в памяти ее устроителей. Опытные экспозиционеры 1930-х с улыбкой потом вспоминали о своих тревогах и сомнениях по поводу своей первой выставки, о том, как с трудом достав шероховатую желтую бумагу и ученические краски, сотрудники музея чертили, кривоватые диаграммы. Работая днем и ночью, успели к назначенному сроку, разместили диаграммы и экспонаты музея на импровизированной выставке. И никто из посетителей не счёл скучными эти столбики и кружочки с цифрами, дающие живую картину состояния и перспективу развития сельского хозяйства. Музейщики валились с ног от усталости, но были совершенно счастливы, потому что выставка оказалась нужной людям и получила одобрение руководства. А со стороны губисполкома одобрение оказалось и материально ощутимо, для коллектива музея было выписано немного муки и соли, что оказалось весьма кстати в то голодноватое время. С первых лет существования музея основой его деятельности стала научно-исследовательская работа. Было проведено геологическое обследование области, выявлены месторождения хромитов, никеля, бурого железняка и торфа, собирались ботанические коллекции и образцы почв, велись археологические исследования. Кстати, к участию в них часто привлекались жители близлежащих селений, что не вызывало трудностей, так как на раскопки, понимаемые как поиски кладов, местное население всегда откликалось очень охотно. Так что, попутно, музею приходилось пропагандировать необходимость охраны археологических памятников народом, главным образом защиты их от самодеятельных любителей “покопать”. Всей этой многогранной работой руководили директор и Совет музея из 9 человек, представителей горкома партии, облплана, горисполкома, гороно. Представителем от Общества изучения Казахстана был в Совете музея один из старейших кустанайских краеведов Зотик Петрович Толстых. Бессменным директором музея долгие годы был краевед – геолог Чернявский Павел Елисеевич. Научным сотрудником музея по совместительству работал известный геоботаник Реутов Александр Иванович. Верным помощником директора и незаменимым в музее человеком была его супруга Чернявская Васса Андреевна. Она была и окантовщиком и библиотекарем и кассиром – дежурным по музею, зав. живым уголком. Художником и макетчиком музея был один из старейших кустанайских художников Никифоров Александр Иванович. В штат музея также входили столяр, счетовод-завхоз, сторожиха, дворник и фотограф. Кстати, при музее была организована фотолаборатория на хозрасчете для обслуживания населения, но особой прибыли она не давала и вскоре была закрыта. Так что из платных услуг, оказываемых музеем того времени осталось только столярная мастерская, выполняющая кое-какие заказы населения, но особым успехом пользовались агрономические рекомендации, даваемые сотрудниками музея. Запущенный донельзя двор музея был расчищен и к 1941 году высажено 140 деревьев и кустарников, причем растительность на участке распределялась по зонам лесостепи, степи, полупустыни и пустыни, используясь как дополнительные наглядные пособия для школьников. Здесь же проводились опытные работы с каучконосами, например очень популярным в условиях дефицита каучука кок-сагызом. А в устроенном в 1938 году живом уголке были собраны лисы, сурки, ежи, волки, полевые грызуны и птицы. Разводились и продавались морские свинки, белые мыши, крысы, был устроен и аквариум. Преследуя вполне практические цели, как например, получение шкурок для чучел и изучения повадок животных в отделе природы, живой уголок стал притягательным для кустанайцев местом отдохновения и прообразом открытого позднее экзотариума. Еще в 1938 году при музее были организованы первая научная секция – геологическая (в составе Чернявского, Толстых, Штурбабина и Сунцова), а в 1941 году – еще две: ботаническая, возглавляемая профессором Никоновым и географическая под руководством преподавателя Кононовой. Музей имел в тот период впечатляющие связи с научно-исследовательскими организациями: институтом неорганической химии АН СССР, торфяным институтом, Комитетом по охране памятников старины и природы Каз.ССР, Наурзумским заповедником, облместпромом, облпланом, облводхозом, Казгеолтрестом. Поддерживались связи и с музеями: ГИМом, музеем народов СССР, антропологическим, зоологическим, МГУ, музеем революции, с Московским зоопарком, Центральным музеем Казахстана, Северо-Казахстанским, Семипалатинским и Челябинским областными музеями.
Много сил уделялось экспозиционной работе, открывались новые разделы “Горная промышленность области и сельское хозяйство, вводный отдел музея - мироздание, антирелигиозный отдел и отдел древней истории. Экспозиционное оборудование, состоящее первоначально из темных громоздких шкафов, застекленных этажерок и глубоких с большим числом поперечин горизонтальных витрин было передано в фонды. А на смену ему пришли специальные щиты, облегченные витрины – гори-зонтальные, вертикальные и призматические с обилием стекла и почти незаметными переплетами. Очень удобным было и оборудование для передвижных выставок. Отношение к экспозиционным залам было как к родному дому. Проходы между витринами застилались ткаными дорожками, залы украшались живыми цветами, картинами.
Особым этапом в истории музея стала его деятельность в годы Великой Отечественной войны. В Кустанай были эвакуированы из Москвы ценнейшие коллекции Исторического музея, музея Революции, музея восточных культур. Сотрудники Кустанайского музея помогли московским коллегам обеспечить их надежное хранение, а впоследствии организовать для показа этих уникальных историко-культурных реликвий выставку “Героическое прошлое народов СССР”. Откликаясь на нужды времени, музейные работники подготовили выставку по ПВХО и выставки по местным сырьевым ресурсам области и возможностям их использования. В лаборатории при музее были подготовлены рекомендации для местных артелей по изготовлению из цветных глин и гипса - зубного порошка, пудры, красок; из озерного ила – твердого топлива. Изучали растения: лекарственные – для облаптекоуправления; щеточные и волокнистые – для артели “13 лет Октября”; кормовые водоросли – для “Заготскота”.
После войны, в 1949 году местные партийные и советские организации заняли половину музейного здания под парткабинет и более 10 лет игнорировали требования о возврате музейных помещений. Это привело к порче и гибели большого числа экспонатов из-за отсутствия музейных хранилищ, затормозило развитие музея.
С начала 1970-х годов в музее вводится научная система учета, ведется большая работа по научному описанию фондовых коллекций и новых поступлений. В настоящее время Костанайский областной историко-краеведческий музей является научно-исследовательским, научно-просветительным учрежде-нием, изучающим историю, культуру и природу края, координатором развития музейного дела в области.
Конец XX – начало XXI веков стали для коллектива музея временем переосмысления места музея в современном обществе, определения новых приоритетных направлений его деятельности. Первостепенную важность обрела культурно-образовательная функция музея как определяющий фактор в формировании культурной среды региона и придания творческого характера досугу населения, прежде всего молодежи.