Костанайский областной историко-краеведческий музей является научно-исследовательским и культурно-досуговым учреждением, занимающимся хранением, изучением и публичным представлением  памятников естественной истории, материальной и духовной культуры, находящихся в  фондохранилищах и экспонируемых в стационарной экспозиции, на временных выставках, как в самом музее, так и вне его.

Одним из важнейших отделов, на котором базируется работа всего музея, является отдел научно-исследовательского обеспечения учета и хранения фондов.

Не менее важны отделы, на которые возложена основная работа по презентации музейных коллекций, созданию новых экспозиций и временных выставок: отдел научно-исследовательского обеспечения региональной истории, сектор научно-исследовательского обеспечения природы и экологии края, отдел экспозиционно-выставочного обеспечения иотдел изобразительного искусства.

Первостепенную важность в современных условиях обретает культурно-образовательная функция музея и, следовательно, очень значимым отделом в структуре музея является отдел экскурсионной и культурно-образовательной работы.

Музей оказывает большую консультационно-рекомендательную и практическую помощь государственным и общественным музеям области, уделяя особое внимание вновь образованным. Координатором этой работы является отдел научно-методического обеспечения.

Хорошим подспорьем в работе музея служит научная библиотека закрытого типа, которая содержит более 10 тысяч экземпляров книг и журналов исторической, краеведческой, естественно-исторической, искусствоведческой тематики, справочной и методической литературы.