Костанайский областной краеведческий музей – научно-исследовательское и культурно-досуговое учреждение, занимающееся хранением, изучением и публичной презентацией памятников естествознания, материальной и духовной культуры, находящихся в хранилищах и экспонируемых в стационарной экспозиции, на временных выставках, как в самом музее и за его пределами.
Одним из важнейших отделов, на которых базируется работа всего музея, является отдел научного обеспечения учета и хранения фондов.
Не менее важны и отделы, на которые возложена основная работа по представлению музейных коллекций, созданию новых экспозиций и временных выставок: отдел научного обеспечения региональной истории, сектор научного сопровождения природы и экологии региона. , отдел экспозиционно-выставочного обеспечения и отдел изобразительного искусства.
Культурно-просветительская функция музея имеет первостепенное значение в современных условиях и поэтому отдел экскурсионной и культурно-просветительской работы является очень важным отделом в структуре музея.
Музей оказывает большую консультативно-консультативную и практическую помощь государственным и общественным музеям региона, уделяя особое внимание вновь создаваемым. Координатором данной работы является Отдел научно-методического обеспечения.
Хорошим подспорьем в работе музея является закрытая научная библиотека, содержащая более 10 тысяч экземпляров книг и журналов исторической, краеведческой, природоведческой, искусствоведческой, справочной и методической литературы.